Nakon rasađivanja treba da prođe najmanje dva meseca da bi počela berba paprike, a za neke sorte i cela tri meseca. Bere se u dve faze: u tehnološkoj i fiziološkoj zrelosti plodova, zavisi od toga čemu je namenjena nakon berbe.

Da bi se izbegli problemi u kasnijem periodu, branje ne treba obavljati dok je rosa jaka, ili odmah nakon kiše. U tom periodu je vlažnost plodova visoka, što pravi probleme u kasnijem periodu kada se uskladište, jer se stvaraju dobri uslovi za širenje bolesti paprike. Uzgoj paprike u plasteniku omogućava da berba počne pre nego na otvorenom prostoru, tako da se može ostvariti i bolja cena.

Kada je u pitanju zaštita paprike tokom berbe, treba biti oprezan i koristiti sredstva s odgovarajućom karencom.

Berba paprike obavlja se postepeno u nekoliko prolaza, jer plodovi tako dozrevaju. Branje se obavlja ručno (poželjno je koristiti makaze ili nož) i pažljivo, da se ne bi oštetila stabljika. Obično je vremenski period između dve berbe nedelju dana, mada može kod nekih sorti biti i celih 12 dana.

Paprika nakon berbe ne treba da bude na direktnom suncu više od jednog sata, jer se pojavljuju ožegotine plodova.

Plodovi koji su u fazi tehnološke zrelosti u karakterističnoj su boji za sortu i imaju punu veličinu. Površina je glatka i ima određenu otpornost na pritisak. Branje paprike u ovoj fazi se uglavnom obavlja za upotrebu u svežem stanju. Fiziološka zrelost je faza kad su semenke potpuno razvijene, a boja plodova poprima delimično nijanse crvene, narandžaste ili roze.

U ovoj fazi se plodovi koriste za dalju prepradu ili za sušenje. Od perioda tehnološke zrelosti do onog fiziološke obično prođe malo više od dve nedelje.

Branje zavisi od načina uzgoja i koja je sorta paprika u pitanju.

Karakteristično je, recimo, da se feferoni namenjeni za preradu svi beru u jednom prolazu, bez obzira na to u kojoj su fazi zrenja.

Vreme skladištenja paprika u svežem stanju veoma je ograničeno, obično je to do nedelju dana. Ukoliko se u skladištima obezbedi temperatura od 0 °C, plodovi paprike se mogu čuvati mesec dana, dok pri temperaturama od 10 °C mogu biti u skladištu dve nedelje. Ako nije namenjena za korišćenje u svežem stanju, u tom je periodu je već potrebno početi s njenim konzervisanjem ili zamrzavanjem.