Заштита биља у органској производњи не подразумева само просту замену пестицида из конвенционалне пољопривреде пестицидима који су дозвољени у органској. У питању је комплексан систем контроле штетних организама који се ослања пре свега на превентивне мере, као и дозвољене биолошке мере, прописане законом и правилницима о органској производњи. Циљ заштите биља у органској производњи је одржавање нивоа штетних организама испод прага економске штетности. У групу био-фунгицида сврстани су препарати на бази бакра, ефикасни за заштиту биљака на почетку и на крају вегетације. Спречавају развој гљива проузроковача чађаве краставости јабуке и крушке, пламењаче (на свим биљним врстама), разних пегавости. Дозволу за заштиту у органској производњи имају: Еверест, Фунгохем, Коциде 2000, Чемп фло, Купраблау З ултра ВП, Блаувит, Фунгуран ОХ, Хидрокоб 77, Витра, Чемп ДП, ( код свих је бакар из бакар хидроксида), Нордокс 75 ВГ, Купрозин (код оба је бакар из бакар-оксида), Неорам 37,5 ВГ, Бакарни окси-хлорид 50, Купрокафаро 50 ВП ( код свих бакар је из бакар-оксихлорида), Осихлор 35 ВГ (бакар је из бакар-хидроксида и додато му је парафинско уље па се, као готов препарат може користити и за зимско прскање), Бакарно уље (бакар из бакар-хидроксида и додато му је минерално парафинско уље, готов препарат за зимско прскање), Зимотокс (бакар из бакар-оксихлорида плус минерално уље), Купрокинг, Купроксат (код оба је бакар из бакар сулфата тробазног), Бордовска чорба 100 СЦ, Бордовска чорба С 20, Блу бордо, Купервал (код свих бакар из бордовске чорбе). Следе биофунгициди на бази сумпора, ефикасни у заштити од пепелница на свим гајеним биљкама, али и гриња на виновој лози јер делују и парама. То су Косавет 80 ДФ, Косан ВГ, Кумулус ДФ, Микротиол специал дисперз, Тиовит џет 80 ВГ и Ветсул. Лимацид Пужомор пелет (на бази гвожђе-фосфата) такође може да се користи у органској пољопривреди. Биоинсектициди на бази парафинског уља употребљавају се за зимско прскање воћака и винове лозе, а то су Галмин 80, Летол ЕЦ, Хербос бело уље, Нитропол С, Овитекс, Галмин. У ову групу су сврстани и Озоним тришул 1% ( на бази азадирактина) и Ласер 240 ЕЦ ( активна материја спиносад). У микробиолошке биофунгициде сврстано је пет препарата. То су Екстрасол Ф, Бакломикс аутум Б, Ервикс (код сва три а.м. Bacillus subtilis) и Поливерсум (а. М. Pythium oligandrum), Винтек (a. М. Trichoderma). Групу биохемијских инсектицида чини само један препарат - Тиморекс голд (а. М. уље чајног дрвета плус парафинско уље). Микробиолошки биоинсектициди су нешто бројнији, има их четири, а то су Фореј 48 Б, Лепинокс плус, (а. М. једн сој Bacillus-a), Карповирусин ево 2 и Мадекс твин ( на бази вируса). Ту је и један микробиолошки биоакарицид - Натуралис биогард. Микробиолошки препарати који се користе у органској производњи ради сузбијања штетних инсеката могу бити на бази гљива, бактерија, вируса. Тако је, на пример, микробиолошки инсектицид на бази гљиве Bauveria bassiana ефикасан у сузбијању ваши, гриња, трипса, лептирастих ваши, гусеница, кромпирове златице. Хифе (вегетативни органи гљиве) продиру у тело инсеката и они угибају јер се гљиве хране њиховом унутрашњошћу. Када инсект угине ,његова унутрашњост је испуњена њеном. Гљива Verticillium lecanii налази се у препаратима за сузбијање биљних ваши и беле лептирасте ваши. Бактерија Bacillus thuringiensis, коју инсект унесе у тело хранећи се листовима опрскане биљке, разара њихов цревни тракт. Препарати на бази ове бактерије делују на инсекте који се хране грицкањем листа, првенствено гусенице разних лептира и тврдокрилаца. Посебно је ефикасан у заштити од кромпирове златице која на њега не може да развија резистентност. Штетни инсекти престају да се хране један до два дана по уношењу препарата, а за три до пет дана угину. Спинозад настаје ферментацијом актиномицете Saccharopolysora spinosa (врста кончасте бактерије), ефикасан је против ларви кромпирове златице, гусеница лептира, а мање ефикасан у сузбијању трипса, биљних ваши и стеница. Постоје препарати на бази вируса гранулозе који делују против ларви јабукиног смотавца. Ботанички инсектициди су на бази биљних екстраката. Природни екстракт из семена биљке Azadirachta indica je азадирахтин. То је ботанички инсектицид делимично системичног деловања. Делује као репелент, регулатор раста, одбија и смањује исхрану инсеката. Инсекти који га уносе грицкањем или сисањем после неколико сати престају с исхраном, а кроз неколико дана угибају. Препарати на бази овог једињења користе се за сузбијање биљних ваши, трипса, гусенице лептира, штитасте ваши, кромпирове златице. Екстракт сувих цветова биљке Chrysanthemum cinerariaefolium (бувач) је пиретрин. Препарати на бази пиретрина делују на ваши, трипсе, гусенице, мољце. Пиретрин почиње да делује брзо али се, изложен ваздуху и светлости, брзо и разлаже па се прскања морају чешће понављати. Заштита биља у органској производњи, подсетићемо, базира се на минималној употреби материја које нису пореклом са сопственог имања и заснива се на агротехничким мерама које обнављају, одржавају и унапређују еколошку равнотежу. Сузбијање болести, штеточина и корова је највећи проблем с којим се срећу произвођачи у органској производњи, јер није дозвољена употреба синтетичких хемијских препарата који се користе у конвенционалној пољопривреди.